Proteusz to historyczny dramat romantyczny o zakazanym związku dwóch mężczyzn uwięzionych na XVIII-wiecznej Robben Island, który przez pryzmat miłości splata ze sobą kolonializm, rasizm i prześladowanie homoseksualności.

Akcja Proteusza rozgrywa się w XVIII-wiecznej Afryce Południowej, na Robben Island - wyspie, która wieki później stanie się miejscem uwięzienia Nelsona Mandeli. Na tej odizolowanej kolonialnej placówce karnej spotykają się dwaj mężczyźni skazani przez holenderskie władze: Claas Blank (Rouxnet Brown), młody pasterz z ludu Khoikhoi, który trafił na dziesięć lat ciężkich robót za próbę odzyskania skradzionego mu bydła, oraz Rijkhaart Jacobsz (Neil Sandilands), holenderski marynarz ukarany za „nienaturalne akty". Początkowo wrodzy sobie, stopniowo zbliżają się do siebie, spotykając się potajemnie przy zbiorniku wodnym i nawiązując intymny, romantyczny związek.

Ich relacja przekracza nie tylko granice prawa, ale i głęboko zakorzenione podziały rasowe oraz klasowe kolonialnego społeczeństwa. W tle pojawia się szkocki botanik Virgil Niven (Shawn Smyth), który przybywa na wyspę z zainteresowaniem zarówno lokalną florą - w tym proteą, kwiatem dającym tytuł filmowi - jak i samym Blankiem. Film oparty jest na autentycznych aktach sądowych z Cape Town, odkrytych w archiwach RPA.